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science discovery http://science-discovery.seesaa.net/ science discovery ja http://science-discovery.seesaa.net/article/134690436.html 性決定：鳥類の性を決める Z 遺伝子鳥類で性を決めている遺伝子は、何十年にもわたる探索でも見つかっていませんでした。今回、この実に重要な遺伝子座が、 Z 染色体上にあって、すべての動物で性決定に関わっているらしいことが知られている遺伝子であることが明らかになりました。### database ###nature 461,135-304 10 September 2009 Issue no.7261news and views p.177 / SexDetermination : Birds do it with... discovery 藤次郎 2009-12-04T00:59:25+09:00
今回、この実に重要な遺伝子座が、 Z 染色体上にあって、すべての動物で性決定に関わっているらしいことが知られている遺伝子であることが明らかになりました。

### database ###
nature 461,135-304 10 September 2009 Issue no.7261
news and views p.177 / SexDetermination : Birds do it with a gene / Jennifer A Marshall Graves
Letter p.267 / The avian Z-linked gene DMRT1 is required for male sex determination in the chiken / C A Smith et al. (The University of Melbourne)

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/134468924.html 地球：酸素増減の歴史地球大気の酸素化は 2 つの大きな段階を経て起きたと考えられていますが、この過程の詳細はまだよくわかっていません。Frei たちは、縞状鉄鉱層（大量の酸素を鉄酸化物として含んでいる堆積岩）から得られたクロム（ Cr ）の安定同位体を用いて、先カンブリア時代の海洋における Cr (VI) の存在を追跡し、地球の気圏―水圏系における酸素化の時間分解された描像を得ています。彼らのデータは、 24 億 5 千万～ 22 億年前の最初の大規模な酸素の増加（大酸化事変）に先立って、大気と... frontiers 藤次郎 2009-12-02T01:09:33+09:00
Frei たちは、縞状鉄鉱層（大量の酸素を鉄酸化物として含んでいる堆積岩）から得られたクロム（ Cr ）の安定同位体を用いて、先カンブリア時代の海洋における Cr (VI) の存在を追跡し、地球の気圏―水圏系における酸素化の時間分解された描像を得ています。

彼らのデータは、 24 億 5 千万～ 22 億年前の最初の大規模な酸素の増加（大酸化事変）に先立って、大気と海洋表層の酸素化が一次的に高まったことを示唆しています。

そして、18 億 8 千万年の年代をもつ古い縞状鉄鉱層には Cr 同位体の分化がみられず、これは大気酸素濃度が低下したことを示しています。

したがって、大酸化事変以降、大気中の酸素は段階的増加の一途をたどったというわけではないようです。

### database ###
nature 461,135-304 10 September 2009 Issue no.7261
The rise and fall of oxygen
news and views p.179 / Early Earth : Oxygen for heavy-metal fans / Timothy W Lyoms & Christopher T Reinhard
Letter p.250 / Fluctuations in Precambrian atmospheric oxygenation recorded by chrominum isotopes / R Frei et al. (University of Copenhagen)

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/134325745.html 細胞： mRNA の分解は翻訳中に始まるメッセンジャー RNA は、仕事を終えてその遺伝情報がリボソームによってポリペプチドへと翻訳されると、自身は分解への過程をたどります。この過程について広く受け入れられているモデルでは「使用済み」 mRNA は細胞質中の RNA プロセシング酵素が高濃度に存在する「 P 体」で分解されると考えられています。しかし、新たな研究で、この考え方が正しくないことが示唆されました。分解は、 mRNA が活発に翻訳中のリボソームとまだ会合している間に始まり、 mRNA がリボソームから隔離... discovery 藤次郎 2009-11-30T14:24:33+09:00
この過程について広く受け入れられているモデルでは「使用済み」 mRNA は細胞質中の RNA プロセシング酵素が高濃度に存在する「 P 体」で分解されると考えられています。

しかし、新たな研究で、この考え方が正しくないことが示唆されました。

分解は、 mRNA が活発に翻訳中のリボソームとまだ会合している間に始まり、 mRNA がリボソームから隔離された状態にならなければ、分解が開始されないということではないらしいです。

このように、翻訳と分解が同時進行することで効率的に分解が行え、一方、最後の翻訳を行っているリボソームも合成を完了できるのであるといいます。

### database ###
nature 461,135-304 10 September 2009 Issue no.7261
Article p.225 / Co-translational mRNA decay in Saccharomyces cerevisiae / W Hu et al.(Case Western Reserve University)

]]> http://match.seesaa.jp/ot_listing.pl?aid=83525&sid=science-discovery&tid=seesaa_hotspot&k=%E3%82%B5%E3%83%A0%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%BC%E3%83%AB&hid=35 [PR]注目のキーワード「サムライハイスクール」サムライ・ハイスクールサムライハイスクール | 楽しみサムライハイスクール | 速報無料動画サムライハイスクール | 城田優サムライハイスクール | エンタサムライハイスクール ]]> 2009-11-30T14:24:33+09:00 ads by Seesaa http://science-discovery.seesaa.net/article/133884562.html 細胞：テロメア以外にもかかわる TERT RNA を介した遺伝子サイレンシングの中には、一本鎖 RNA の二本鎖 (ds) RNA への変換によって生じる二次元的な siRNA （低分子干渉 RNA ）を必要とするものがあります。この変換は、 RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ (RdRP) によって行われます。Maeda et al. はテロメラーゼ (RMRP) から dsRNAを生成できることを明らかにしました。これは、哺乳類の RdRP 活性のはじめての報告です。TERT が、テロメアを伸長する作用とはまっ... scientific situation 藤次郎 2009-11-25T18:47:59+09:00
この変換は、 RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ (RdRP) によって行われます。

Maeda et al. はテロメラーゼ (RMRP) から dsRNAを生成できることを明らかにしました。

これは、哺乳類の RdRP 活性のはじめての報告です。

TERT が、テロメアを伸長する作用とはまったく無関係に細胞生理に寄与していることを示す証拠が増えてきていますが、今回の研究はその機序の１つを明らかにしています。

### see dada / data bace ###
nature 461,135-304 10 September 2009 Isse no 7261
Article p.230 / An RNA-dependent RNA polymerase formed by TERT and the RMRP RNA / Maeda et al.　

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/132739203.html 細胞：遺伝的リスクを最小にヒトゲノムには、ゲノム再編成やゲノム不安定性の原因になりやすい、さまざまな種類の「危険性が高い」反復配列が含まれており、それらの一部はがんなどの病気を引き起こすこともあります。細胞はさまざまなタンパク質を用いて、このようなゲノム不安定性がめったに生じないようにしています。出芽酵母（ Saccharomyces cerevisiae ）の第 V 染色体左腕の研究で、ゲノム再編成を防ぐ多数の遺伝子が突き止められました。意外にも、単一コピー配列が介在するゲノム再編成と「危険性が高い... discovery 藤次郎 2009-11-12T21:35:10+09:00
細胞はさまざまなタンパク質を用いて、このようなゲノム不安定性がめったに生じないようにしています。

出芽酵母（ Saccharomyces cerevisiae ）の第 V 染色体左腕の研究で、ゲノム再編成を防ぐ多数の遺伝子が突き止められました。

意外にも、単一コピー配列が介在するゲノム再編成と「危険性が高い」反復配列が介在する再構成とでは、抑制するための経路が別々に用意されているといいます。

### see dada / data bace ###
nature 460,925-1050 20 August 2009 Isse no 7258
Article p.984

]]> http://www.seesaa.jp/r.pl?id=30 [PR]注目のキーワード「最先端の英語学習法」 2009-11-12T21:35:10+09:00 ads by Seesaa http://science-discovery.seesaa.net/article/132049068.html 遺伝：miRNA と mRNA の相互作用遺伝子発現の調節に、阻害性マイクロ RNA (miRNA) による遺伝子サイレンシングが重要なのは、現在では広く認められています。しかし、miRNA によるメッセンジャー RNA の調節に必要なのは、両方の配列のごく短い部分（8 ヌクレオチド以下）が相補的であることだけなので、予想される多くの mRNA 結合部位の中のどれが in vivo でそれぞれの miRNA の標的となるのかを確定することは、ほぼ不可能だとわかっています。今回、広範に存在するエンドヌクレアーゼで、 R... frontiers 藤次郎 2009-11-04T23:31:40+09:00
しかし、miRNA によるメッセンジャー RNA の調節に必要なのは、両方の配列のごく短い部分（8 ヌクレオチド以下）が相補的であることだけなので、予想される多くの mRNA 結合部位の中のどれが in vivo でそれぞれの miRNA の標的となるのかを確定することは、ほぼ不可能だとわかっています。

今回、広範に存在するエンドヌクレアーゼで、 RNA 誘導性サイレンシング複合体の一部である Argonaute タンパク質と、 miRNA および mRNA との相互作用に注目する巧妙な HITSCLIP 法により、 mRNA 転写産物の miRNA 結合部位の正確なマップが解読されました。

この方法は、一般的応用が可能なので、 miRNA の生物学的役割の解明のための新しい手法となりそうだといいます。

また、このマップを用いて、臨床にかかわる mRNA に対する RNA 干渉（RNAi）療法の標的部位を決定できるといいます。

### see dada / data bace ###
nature 460,429-544 23 July 2009 Isse no 7254
Article p.479

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/131799971.html 海洋：古細菌のアンモニア酸化好機的アンモニア酸化は地球の窒素循環の重要な過程の１つです。この反応の触媒を行っているのは、わずかな種類の細菌のみだと考えられていましたが、広く分布する古細菌種も同じ反応を行っていることが数年前に発見されました。今回、SCM1 という海洋性古細菌分離株の研究により、この株がアンモニア酸化細菌をはるかに上回るアンモニア親和性を持つことが明らかにされました。このことは、貧栄養性の海洋で海洋性古細菌がほかの微生物と十分に競合できることの説明となり、海洋の窒素循環における硝化作用は、... discovery 藤次郎 2009-11-02T00:24:56+09:00
この反応の触媒を行っているのは、わずかな種類の細菌のみだと考えられていましたが、広く分布する古細菌種も同じ反応を行っていることが数年前に発見されました。

今回、SCM1 という海洋性古細菌分離株の研究により、この株がアンモニア酸化細菌をはるかに上回るアンモニア親和性を持つことが明らかにされました。

このことは、貧栄養性の海洋で海洋性古細菌がほかの微生物と十分に競合できることの説明となり、海洋の窒素循環における硝化作用は、現在通用している生物地球化学的モデルで考えているより、ずっと広範に行われていると考える説を裏付けています。

### see dada / data bace ###
nature 461,837-1018 15 Ocyober 2009 Isse no 7266
Letter p.976

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/131062665.html 発生：活性酵素の有用な働き活性酵素種（ROS）については、主に DNA 損傷、タンパク質や脂質の酸化やアポトーシスでの有害な影響が調べられてきましたが、組織によっては ROS にも有益な効果があることが次第に認められつつあります。（nature 461,439-558 no.7263） frontiers 藤次郎 2009-10-24T14:22:24+09:00
（nature 461,439-558 no.7263）
]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114822316.html アポトーシス natureを愛読して10年になるが、なんだ…。スプライトソームはメッセンジャーRNA一次転写物を成熟に導くことで最もよく知られている。この酵素複合体は、染色体端末を維持する酵素の１つの合成にも関わっていることがわかった。（nature 456,837-1008 no.7224）### 参照 ###『telomerase RNA』 diary 藤次郎 2009-02-26T02:54:45+09:00
　スプライトソームはメッセンジャーRNA一次転写物を成熟に導くことで最もよく知られている。この酵素複合体は、染色体端末を維持する酵素の１つの合成にも関わっていることがわかった。（nature 456,837-1008 no.7224）

### 参照 ###
『telomerase RNA』
]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114818742.html 工学：超伝導体の明らかな転身複合酸化物間の界面は、凝縮系物理学における最も興味深い系の１つであることが明らかになりつつあるという。並進対象が人為的に破られているこの特殊な条件では、さまざまな新しい電子相や異常な電子相の出現が促進されている。電場は修復系の新しい手段になることから、Schlom & Ahn は、この方法をナノスケールの酸化物面で用いて、二次元超伝導体の物理学的性質が調べられた。これらの背景から、「LaAIO3/SrTiO3界面基底状態の電解制御」について A D Cavigliaら... model case 藤次郎 2009-02-26T00:42:37+09:00
　並進対象が人為的に破られているこの特殊な条件では、さまざまな新しい電子相や異常な電子相の出現が促進されている。

　電場は修復系の新しい手段になることから、Schlom & Ahn は、この方法をナノスケールの酸化物面で用いて、二次元超伝導体の物理学的性質が調べられた。

　これらの背景から、「LaAIO3/SrTiO3界面基底状態の電解制御」について A D Cavigliaらの報告が取り上げられた。

　理論研究では複雑な相図が予測されており、系の基底状態の決定に電化キャリア密度が果たす重要な役割が示唆されている。特に興味深い系は、バンド絶縁体である LaAIO3 とSrTiO3 間の導電性界面である。

　最近、磁性状態と二次元超伝導凝縮体という、可能な 2 つの基底状態が実験的に確認されている。

参考文献：
nature Vol.456 545-674 Issue no.7222 4 December 2008
News and Views p.582 / MATERIALS SCIENCE : Clear leap for superconductors / Darrell G Schlom & Charles H Ahn
Letter p.624 / Electric field control of the LaAIO3/SrTiO3 interface ground state / ジュネーブ大学（スイス）　A D Caviglia et al.

　Caviglia らは、電界効果を用いてその系の相図を調べた。

　絶縁状態における磁気輸送特性の解析結果は、弱局在と一致しており、磁性の証拠は与えない、という。

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114736585.html 医学：高病原性H5N1インフルエンザウイルス由来のNS1のX線構造高病原性鳥（H5N1）インフルエンザウイルスの最近の出現、このウイルスの同種動物間で伝染する性質や致死性ヒト感染との関連は、健康に関する懸念を世界中で高めているのは、報道などで一般的に既に知られている話だろう。因みに、H5N1が宇宙から来たウイルスであるという科学的知見の報告はこれまで上がっていない。幾つかの研究により、病原性の増大やこれらの型の毒性には、明確な構造をもたないタンパク質NS1が重要である事がはっきり示されている。二本鎖（dsRNA）結合ドメインとエフェクタード... model case 藤次郎 2009-02-24T11:39:14+09:00
因みに、H5N1が宇宙から来たウイルスであるという科学的知見の報告はこれまで上がっていない。

幾つかの研究により、病原性の増大やこれらの型の毒性には、明確な構造をもたないタンパク質NS1が重要である事がはっきり示されている。

二本鎖（dsRNA）結合ドメインとエフェクタードメインの２つがリンカーにより隔てられているNS1は、宿主の抗ウイルス性I型インターフェロン応答に対するアンタゴニストの１つとされる。

今回、BornholdtとPrasadらは、ベトナムでの大流行におけるヒト死亡の60％に関連していたH5N1型（A/Vietnam/1203/2004）由来の完全長NS1のX線構造を報告している。

参考文献：
nature Vol.456 837-1008 Issue no.7224 18/25 December 2008
Letters p.985/X-ray structure of NS1 from a highly pathogenic H5N1 influenza virus / ベイラー医科大学（米）　Z A Bornholdt & B V V Prasad

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114520629.html 細胞：真核生物のエキソソームによるヌクレオチドRNA切断エキソームは真核生物の主要なヌクレアーゼで、核と細胞質の間に局在し、多数の細胞内RNAのプロセシング、品質管理、代謝回転に関わっている。この巨大なマクロ分子集合体は 3'→ 5' エキソヌクレアーゼと考えられており、古細菌のエキソソーム様複合体や細菌のポリヌクレオチドホスホリラーゼと進化的に関連する9個のサブユニットから環状構造を有する事が示されている。最近の研究結果においては、酵母やヒトの環状構造は、原核生物の対応する環状構造とは異なり、酵素活性を持たないことが示され... discovery 藤次郎 2009-02-19T23:57:34+09:00
　この巨大なマクロ分子集合体は 3'→ 5' エキソヌクレアーゼと考えられており、古細菌のエキソソーム様複合体や細菌のポリヌクレオチドホスホリラーゼと進化的に関連する9個のサブユニットから環状構造を有する事が示されている。

　最近の研究結果においては、酵母やヒトの環状構造は、原核生物の対応する環状構造とは異なり、酵素活性を持たないことが示され、これとは対照的に、酵母のエキソソームコアのエキソヌクオチド切断活性は、真核生物特異的なDis3サブユニットのRNBドメインによって仲介される事がわかっている。
　今回、Lebertonらは、in vivo アッセイを用いて、酵母のDis3がさらにエンドリボブクレアーゼ活性を持ち、この活性は、この複数のドメインからなるタンパク質のアミノ端末に存在するPINドメインによって仲介される事を示す。

参考文献：
nature Vol 456 | Issue no.7224 | 837-1008 | 18/25 December 2008
Letter p.993 / Endonucleolytic RNA cleavage by a eukaryotic exosome / CNRS, パリ南大学およびピエール・マリー・キュリー大学（仏）　A Leberton et al.

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114495499.html 腫瘍：リボソームタンパク質ハプロ不全によりリボソームタンパク質ハプロ不全により Myc の発がん性が制御されるという。 Myc がん遺伝子は、リボソームタンパク質、翻訳開始因子、RNAポリメラーゼIIIやリボソームDNAなど、タンパク質構成装置を構成する諸因子の発現を制御している。細胞のタンパク質合成能の亢進が発がんに通じる多段階過程に影響を及ぼすか比か、また及ぼすとすればどのように影響しているのかは、まだ明らかにされていない。 M Borna らの本論文では、リボソームタンパク質がヘテロ接合体であるマウスを遺伝... model case 藤次郎 2009-02-19T14:19:59+09:00
　Myc がん遺伝子は、リボソームタンパク質、翻訳開始因子、RNAポリメラーゼIIIやリボソームDNAなど、タンパク質構成装置を構成する諸因子の発現を制御している。

　細胞のタンパク質合成能の亢進が発がんに通じる多段階過程に影響を及ぼすか比か、また及ぼすとすればどのように影響しているのかは、まだ明らかにされていない。

　M Borna らの本論文では、リボソームタンパク質がヘテロ接合体であるマウスを遺伝学的な手段を用いて、Eμ-Myc/+ トランスジェニックマウスでのタンパク質合成の亢進を正常レベルに戻し、このような状況では Myc の発がん性が制御される事を示している。

　まず、勘違いされている方々が多いようですが、このブログは典型的な自然科学系ブログです。

　どうして、物理として物事を捉えないのでしょうね…。がん細胞のメカニズムさえ知らない方が、案外、非常に多いんじゃないでしょうか。

　断じて、このブログは典型的な自然科学系ブログです。だから、どちらがって、ものでもないです。物理は物理です。実数は実数であって、それはありのままです。科学ではそういった実数のデータを土台に予測されます。また科学技術では、この実数がわからなければ実用的なプランも立てることは不可能でしょう。問題対策においても同じことが言えると思います。

　誤解されている方々が多いため、物理を取り上げます。

参考文献：
nature Vol 456 | Issue no.7224 | 837-1008 | 18/25 December 2008
Letter p.971 / Supperession of Myc oncogenic activity by ribosomal protein haploinsufficiency / カリフォルニア大学サンフランシスコ校（米） M Borna al.

　この知見により、タンパク質合成を増強する Myc の能力が直接的に細胞サイズを増加させること、またこれは、Myc によって転写レベルで制御されている既知の細胞周期標的因子には依存せずに、細胞周期の進行を速めるのに十分であることが明らかとなる。

　さらに、タンパク質合成が正常レベルに戻ると、Myc を過剰発現している前がん細胞がプログラム細胞死によって、より効率的に排除される。

　Borna らの知見は、発がんシグナル下流の全般的なタンパク質合成速度の増加を、選択的なメッセンジャーRNAの発現制御に使われる翻訳開始の局面における特定の分子以上に結びつける新しいメカニズムを明らかにしている。

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/114458069.html 細胞：in vivo での細胞運動の接触阻止 in vivo での細胞運動の接触阻止は神経冠の方向性のある移動を制御しているという。細胞運動の接触阻止は50年以上前に Abercrombie によって発見された。 in vitro で繊維芽細胞が互いに接触すると突起分が引っ込んで、方向転換をする現象として知られる。この機能が障害されると、悪性浸潤の一因となることが示唆されているが、細胞運動の接触阻止の分子基盤、また、in vivo でもこれが起こるかどうかはまだわかっていない。 discovery 藤次郎 2009-02-18T18:51:15+09:00
　細胞運動の接触阻止は50年以上前に Abercrombie によって発見された。

　in vitro で繊維芽細胞が互いに接触すると突起分が引っ込んで、方向転換をする現象として知られる。

　この機能が障害されると、悪性浸潤の一因となることが示唆されているが、細胞運動の接触阻止の分子基盤、また、in vivo でもこれが起こるかどうかはまだわかっていない。

　神経冠細胞は移動性に富み多能性を有する胚細胞集団で、その挙動は空く精神順に例えられてきたが、今回 C Carmona-Fontaineらは、これらの細胞が in vivo および in vitro の両方で細胞運動の接触阻止を実際に示し、これによって神経冠の方向性のある移動を説明できる事を明らかにしている。

参考文献：
nature Vol 456 | Issue no.7224 | 835-106 | 18/25 December 2008
Letter p.957 / Contact inhibition of locomotion in vivo controls neural crest direction migration / ロンドン大学ユニバーシティカレッジ（英） C Carmona-Fontaine et al.

　移動中の２つの神経冠細胞が接触すると、双方とも停止し、突起部を退縮させて方向転換するという。

]]> http://science-discovery.seesaa.net/article/113817361.html 医学：ALKが神経芽細胞腫を引き起こす神経芽細胞腫は、最もよく見られる小児がんである。この疾患は加須気歴と強く関連するため、発症には遺伝的要因が関与する事が30年以上前から予測されていた。今週業では、神経芽細胞腫患者では受容体型チロシンキナーゼALK（anaplastic lymphoma kinase）に異変が変じている事を、４つのグループが報告している。 ALKは神経芽細胞胞腫の要因遺伝子の役割を果たしており、散発性の神経芽細胞腫では体細胞に点突然変異が生じている。この異変は、in vivo で ALK の... diary 藤次郎 2009-02-07T01:16:35+09:00
　ALKは神経芽細胞胞腫の要因遺伝子の役割を果たしており、散発性の神経芽細胞腫では体細胞に点突然変異が生じている。この異変は、in vivo で ALK のキナーゼ活性を促進し、細胞を形質転換させ、腫瘍活性化が見られるようになる。ALK阻害剤は神経芽細胞腫の細胞増殖を抑制するため、抗がん剤となる可能性があるという。

参考文献：
nature Vol 455 | Issue no.7215 | 835-106 | 16 October 2008
Letter p.971 / Oncogenic mutations ALK kinase in neuroblastoma / キュリー研究所およびINSERM（仏） I Janou

神経細胞腫は、抹消の交感神経系から生じる腫瘍で、小児期に最もよく見られる固形腫瘍の１つである。通常は散発性であるが、家族性の症例も観察され、その一部は神経ていの先天奇形を伴って発症し、PHOX2B遺伝子の生殖系列細胞変異と関連する。

本論文では、広範囲にわたる神経芽細胞腫を対象に、全ゲノム規模で比較ゲノムハイブリダイゼーションによる解析を行った。 ]]>